Il me semble que le ministre est clair :
"La circulaire n° 2004-054 du 23 mars 2004 relative au contrôle et promotion de l’assiduité des élèves soumis à l’obligation scolaire rappelle que « les certificats médicaux ne sont exigibles que dans les cas de maladies contagieuses énumérées dans l’arrêté interministériel du 3 mai 1989 »."
Cette circulaire l’emporte sur d’éventuel règlements intérieurs de collèges et de lycées.