Une piste possible pour comprendre cette différence : le mannitol ingéré se retrouve dans l’intestin et il est peu absorbé (environ 7% de la quantité avalée, https://www.drugbank.ca/drugs/DB00742). En soi, il n’est pas foncièrement différent d’autres sucres et donc « sans trop d’effet » pour l’intestin qui est « prévu pour » [c’est naïf comme présentation, veuillez m’en excuser]. Son effet laxatif est dû à l’appel d’eau qu’il entraîne (effet osmotique) — et peut-être à une modification du métabolisme des bactéries intestinales ?
Inhalé, il se retrouve sous forme de fines particules (comme les nano-particules) dans les voies respiratoires... qui ne sont pas « prévues » pour : il aura donc un effet local nettement plus important, irritant par exemple. Il n’est pas non plus absorbé (pratiquement pas, plus exactement : moins de 1 % de la dose reçue : http://www.ema.europa.eu/docs/en_GB/document_library/EPAR_-_Product_Information/human/001252/WC500130592.pdf, p. 11, partie 5.2).
Comparer les effets des deux me semble donc peu approprié : il s’agit d’effets essentiellement locaux — sauf bien sûr les cas d’hypersensibilité au mannitol, qui existent.